El PROFIT está integrado por los Programas Nacionales correspondientes a las áreas científico-tecnológicas y a las áreas sectoriales del Plan Nacional Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica (2000-2003), junto a las acciones horizontales del propio programa PROFIT.

Además, a este programa se incorporan, también, las líneas de ayudas a la investigación científica y al desarrollo tecnológico previstas en la Iniciativa Estratégica del Gobierno para el Desarrollo de la Sociedad de la Información (INFO XXI).

La relación de estos Programas Nacionales y Acciones Horizontales es la siguiente:

Programa Nacional de Biotecnología (incluye la acción genómica y proteómica)
Programa Nacional de Diseño y producción industrial
Programa Nacional de Materiales
Programa Nacional de Procesos y Productos Químicos
Programa Nacional de Recursos Naturales
Programa Nacional de Recursos y Tecnologías Agroalimentarias
Programa Nacional de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones
Programa Nacional de Socioeconomía
Programa Nacional de Biomedicina (incluye veterinaria y acción PROFARMA)
Programa Nacional de Aeronáutica
Programa Nacional de Automoción
Programa Nacional de Energía
Programa Nacional de Espacio
Programa Nacional de Medio Ambiente
Programa Nacional de Sociedad de la Información
Programa Nacional de Transportes y Ordenación del Territorio